В игре есть режим тактического обзора, при входе в который игровое время замедляется, чтобы отдать приказы двум агентам, путешествующим с протагонистом. Работа с агентами — ключевая особенность игры. Классы агентов можно настраивать, подбирая способности, полезные в миссиях. Сами миссии можно выбирать из различных вариантов, то есть XCOM включает ролевые элементы. В распоряжении Картера есть радио и радар, позволяющие отслеживать активность инопланетян.
Агенты
Уильям Картер является уникальным агентом и единственным в классе «командир отряда». Вначале, он может исцелять свой отряд, но затем получает дополнительные способности, включая способность временного пси-контроля над врагом. Картер также может использовать любое оружие и бросать гранаты.
Всё другие агенты, которых можно нанять, принадлежат к одному из четырёх классов:
Солдат поддержки: улучшает боевые качества других бойцов. Вооружён пистолетом.
Инженер: минирует поле боя и устанавливает турели. Вооружён дробовиком.
Коммандос: передовой боец способный дразнить врага. Вооружён автоматом.
Разведчик: опытный снайпер. Вооружён снайперской винтовкой.
При найме агента, каждому можно дать один из видов дополнительной подготовки:
Техническая подготовка: агент может чаще использовать способности.
Боевая подготовка: агент более эффективно обращается с оружием.
Подготовка на выносливость: агент может пережить больше ранений.
Адреналиновая подготовка: агент быстрее исцеляется.
Можно нанять не более 8 агентов кроме Картера (по 2 из каждого класса), однако можно получить дополнительных агентов выполняя второстепенные задания (например, убедить советского шпиона в реальности вторжения инопланетян, после чего он становится агентом XCOM). Все нанятые агенты начинают на 1-м уровне, однако получают опыт за убийство врагов и могут дойти до 5-го уровня. Картер может дойти до 10-го уровня.
В бою, смертельно-раненые агенты могут быть подняты на ноги любым другим за определённый отрезок времени. Если этого не сделать, то агент умирает. На лёгких уровнях сложности, на его место приходит другой агент из нанятых Картером. На среднем уровне сложности, заменить погибшего агента можно только в определённых точках. На самом сложном уровне, смертельно-раненых агентов вообще нельзя вернуть в бой, а лишь стабилизировать. Стабилизированные агенты становятся доступны только по окончанию задания. Если умрёт Картер, то игра заканчивается. С каждым серьёзным ранением, агента нужно всё быстрее и быстрее «откачивать» прежде чем он истечёт кровью.
Оружие
В самом начале, агенты XCOM могут использовать только земное (огнестрельное) оружие: пистолет, пистолет-пулемёт, автомат, дробовик и снайперскую винтовку. Картер может носить два вида оружия с собой, тогда как другие агенты ограничены одним (однако, у них не кончаются боеприпасы, тогда как Картер должен постоянно искать патроны либо батареи). По окончанию пролога, Картер и другие агенты получают венн-браслеты от доктора Дреснера, которые позволяют им использовать найденное оружие пришельцев. Однако, оружие пришельцев самоуничтожается при гибели солдат. Для того чтобы это не случалось, нужно вначале найти этот вид оружия которые ещё не в руках врага. Чтобы пополнить боезапас, Картеру необходимо подбирать оружие того же типа. Также, во многих местах можно найти ранец или ящик с патронами подходящими для любого земного оружия или ящик с батареями для оружия пришельцев. Ящики полностью пополняют соответствующий боезапас.
Картер также может бросать гранаты. Вначале, это обычные «лимонки». Позже, Картер получит доступ к «липким» гранатам Аутсайдеров. Аутсайдеры тоже могут бросать гранаты. Кроме вооружения, каждый агент носит боевой ранец. По мере прохождения заданий, можно найти разнообразные типы ранцев, повышающие определённые качества агента. Существуют ранцы повышающие одно качество за счёт другого. В основных заданиях, где-то на полпути, Картеру предоставляется возможность сменить оружие, гранаты либо ранцы для всех агентов и даже сменить агентов. Кроме этого, на более сложных уровнях, это — единственные точки где можно пополнить отряд агентами вместо погибших.
Враги
Основными врагами являются так-называемые чужие, гуманоиды обладающие продвинутыми технологиями, включая лазерное и плазменное оружие. Самоназвание чужих — «зудъяри», однако это название почти никогда не используется, даже интерфейсом игры. Чужие представляют могущественную межзвёздную империю, уже захватившую несколько миров и рас. Две из этих порабощённых рас участвуют во вторжении на Землю: сектоиды и мутоны (последние служат в армии чужих в качестве наёмников: это можно узнать, прочитав результаты вскрытия этого вида пришельцев). Вид обоих рас практически не отличается от «XCOM: Enemy Unknown», указывая на то что «The Bureau» является своеобразным приквелом той игры. Единственное отличие — светящийся синий ошейник на сектоидах, указывающий на то что они — рабы. Среди войск чужих также присутствуют силекоиды — полуразумные сгустки биомассы поедающие плоть, дроны — летающие шарообразные роботы стреляющие свысока и лечащие союзные войска, сектоподы — шагающие роботы с пилотами-сектоидами, штурмовики — летательные аппараты чужих, высаживающие войска и стреляющие лазеромётами, и титаны — летающие тарелки, стреляющие смертоносными лучами. Чужие также состоят из различных классов, включая простых солдат, тех-командиров (создают щиты), фантомов (становятся невидимыми при движении), элитных солдат (обладают щитами), снайперов, пси-командиров (способны временно взять агента XCOM под контроль) и других. Кроме обычных мутонов, которые являются тяжёлыми солдатами в броне, также существуют элитные мутоны, которые обладают реактивными ранцами.
Согласно Firaxis, эта игра является, в общих чертах, приквелом «XCOM: Enemy Unknown», описывая основание XCOM. Из этого можно судить что сектоиды и мутоны были вначале порабощены чужими, а после их поражения, эфириалами. Также, эфириалы в «The Bureau» не такие как в «XCOM», хотя определённые сходства имеются (например, четыре руки). Можно предположить что энергетические эфириалы являются теми представителями их расы которые смогли покинуть свои тела. Остальные не смогли этого сделать и, впоследствии, напали на Землю. Скачать The Bureau - XCOM Declassified для мак ос бесплатно через торрент и приступить к прохождению могут все желающие.