Магистр Воронов Азария Кирас, впавший в ересь, объявил героев Аврелианского Крестового Похода предателями. Капитан 3-й Роты Габриэль Ангелос поклялся остановить еретика. Для этого он нашёл себе союзника — Аполлона Диомеда, который ранее возглавлял личную гвардию Кираса.
В темных джунглях планеты Тифон появился Повелитель Улья — аватар Разума Улья. Он начал свой поход, желая восстановить связь с флотом Левиафан и поглотить непокорный подсектор.
Элифас Наследник получил благословение Лорда Абаддона на уничтожение Азарии Кираса и всех Кровавых Воронов во имя Тёмных Богов. Он должен выполнить это задание, иначе его душа достанется Абаддону.
Азария Кирас провозгласил подсектор Аврелия утерянным и запросил у Ордо Маллеус Экстерминатус всех планет. Для того, чтобы предотвратить гибель миллиардов невиновных, Габриэль Ангелос попросил свою старую знакомую из Ордо Еретикус — Леди-Инквизитора Адрастию провести расследование и подтвердить, что Кирас предал Императора и тем самым отменить его приказ на уничтожение подсектора.
Узнав о том, что планеты подсектора могут быть уничтожены, Эльдар с Искусственных Миров Биэль-Тан и Алайток решили всеми силами удерживать в Варпе прибывающие Черные Корабли Инквизиции и в это время спасти камни душ с разрушенного мира-корабля, который покоится под поверхностью Тифона.
Орки «Корсары» под руководством Капитана Бладфлага решили ограбить полуразрушенную столицу подсектора — Меридиан, но потерпели крушение на планете Тифон.
Сюжет
Герой игрока прибывает на Тифон Примарис, где сражается с противоборствующей фракцией и побеждает её лидера (Космодесант против Хаоса, эльдары против орков, Имперская гвардия против тиранидов). Он узнаёт о том, что Имперская Инквизиция считает сектор утерянным и направляет флот для выполнения Экстерминатуса на всех его обитаемых мирах. Позднее лидеру фракции ставится задача ликвидировать Азарию Kираса, который через предстоящий Экстерминатус хочет принести души миллиардов жертву Кхорну и встать демоном принцем. При этом каждая из сторон имеют собственную мотивацию: Космодесант, Имперская Гвардия и Эльдары борются с хаосом, орки просто хотят хорошо подраться и одолеть самых сильных врагов; тираниды желают захватить сектор и призвать новые улья своего флота для поглощения биомассы; хаоситы просто враждуют с Кирасом. Игрок начинает поиски транспортного корабля, попутно борясь с местным культом союзников Азарии.
Прибыв на Кальдерис, главный герой борется с совращенными хаосом космодесантниками Кровавых Воронов, которым поручено зачистить планету. После разрушения варп-портала с Аврелии поступает информации об атаке на Меридиан, где фракция уничтожает предателя в среде имперской гвардии и узнаёт о пребывании мятежного магистра на Тифоне. Там игрок попадает в засаду эльдар с искусственного мира Биель Тан, проводящих некий ритуал. Расправившись с ними герой узнаёт от Кираса, что те препятствовали прибытию Чёрных Кораблей Инквизиции. После этого начинается орбитальная бомбардировка планеты, от которой герою удается чудом спастись.
Оказавшись на борту космического скитальца «Суд Воронов» персонаж игрока восстанавливает силы и решают остановить магистра, который скрывается на Кирене (десять лет назад уже подвергшейся Экстерминатусу, из-за чего уже не интересной инквизиции). На планете герой игрока атакует совместные силы космодесантников Хаоса и отрядов предателей из Имперской гвардии и ордена Кровавых Воронов. Кирас начинает свое превращение в демон-принца, после чего на него нападает Габриэль Ангелос. Противоборство оканчивается смертью космодесантника, но фракции игрока уже сама с успехом одолевает магистра.
Концовки
Конец игры зависит от выбранной игроком расы, однако в любом случае Азария Кирас погибнет. Канонической концовкой является победой Космического десанта и эльдар (частично): в Warhammer 40,000: Space Marine космодесантники Кровавых Воронов упоминают о своей победе, в Warhammer 40,000: Dawn of War III Габриэль Ангелос является магистром ордена, а Ронан смог добыть камень души.
Космодесант Хаоса: Инквизитор Адрастия докладывает Инквизиции, что весь подсектор был уничтожен, однако возникла новая угроза — Элифас Наследник стал Демон-Принцем.
Эльдар: Рейнджер Ронан получает камень души его сестры, Видящей Тальдиры. Аутарх Кайлет спрашивает его, что он намерен делать дальше, на что Ронан говорит о планах вернуть камень души Тальдиры назад в искусственный мир Ультве.
Имперская Гвардия: Инквизитор Адрастия возвращается в Инквизицию с психическим капюшоном Кираса как доказательством того, что угроза спала и можно прекратить Экстерминатус. Командир Имперской гвардии Лорд-Генерал Кастор и сержант Меррик хвалят друг друга за действия в этой войне.
Орки: Капитан Бладфлаг настигает инквизитора Адрастию, отбрасывает её ударом, забирает её шляпу, которую хотел получить по их договору, и покидает подсектор со своей бандой на «Суде Воронов».
Космический десант: Капитан Диомед связывается с инквизитором Адрастией, чтобы прекратить Экстерминатус, поскольку Кирас мертв и сектору больше не угрожает развращение Хаоса, после чего находит изувеченное тело Габриэля. Некоторое время спустя Диомед передает бразды правления орденом Габриэлю Ангелосу, чьё тело было восстановленно с помощью аугметики.
Тираниды: Весь подсектор был поглощен, а большая часть сил Имперской Гвардии и весь орден Кровавых Воронов были уничтожены. Скачать Warhammer 40,000: Dawn of War II: Retribution для мак ос бесплатно через торрент не составит никакого труда.